La chiesa di San Nicola è uno dei gioielli artistici della Valnerina.
Essa è documentata a partire dal 1210, anno in cui ne viene confermato il possesso da parte dell’Abbazia Benedettina di Sassovivo. Originariamente ad aula unica essa fu ampliata e rinnovata fra il secolo XVI e XVII assumendo l’assetto attuale a tre navate, divise da colonne in pietra. Nel 1663 fu addossato alla facciata un portico che fungeva da luogo di riunione per il consiglio comunale.
Il popolo di Scheggino nell’anno 1526 convocò un consiglio di tutti i capofamiglia, decidendo di far dipingere l’abside della Chiesa di San Nicola al pittore Giovanni di Pietro detto lo Spagna, pittore in quel momento molto attivo nello spoletino e in Valnerina. Il 18 aprile fu stipulato il contratto e lo Spagna ricevette la somma di 150 fiorini. L’opera fu progettata interamente dal maestro che ne eseguì solo una parte a causa della diffusione della peste e delle razzie dei lanzichenecchi; gli affreschi furono completati dai suoi discepoli Girolamo di Giovanni e Piermarino di Giacomo nel 1533. Il ciclo pittorico presenta nel catino absidale L’incoronazione della Vergine; in basso a sinistra una Natività con paesaggio, al centro la figura di S. Nicola da Bari e a destra S. Giovanni Battista in adorazione di un tabernacolo in pietra cinquecentesco. Gli affreschi furono fatti ricoprire nel 1720 dal Vescovo Lascaris perchè molto degradati e riportati alla luce nel 1911.
La chiesa presenta altre opere degne di nota; nella cappella a destra dell’altare maggiore troviamo Madonna in Gloria ed i SS. Giovanni Evangelista in oleo, Giacomo, Rocco, Sebastiano e Nicola da Bari, realizzata dal pittore Guidubaldo Abbatini, attivo presso il Palazzo Apostolico, in ricordo di un evento miracoloso accaduto a Scheggino alla fine del 500: una pesantissima macina in pietra di uno dei numerosi frantoi del paese uscì dall’asse e rotolò pericolosamente senza recare alcun danno tra gli operai. Per questo il Comune decise di far realizzare l’altare e la relativa tela. Inoltre fu commissionata una mostra lignea intagliata e dorata a Mastro Carlo Lattanzio da Cascia. Nella cappella di destra troviamo la tela del 1595 con la Madonna del Rosario con i SS. Domenico E Caterina da Siena, dipinta e firmata dal pittore perugino Perino Cesarei. Nella navata sinistra è presente l’affresco staccato raffigurante la Madonna col Bambino (1584) realizzato dal pittore Piermattia Gigli da Spoleto, proveniente dall’ex edificio comunale. Seguono l’altare di S. Lucia con una tela che rappresenta S. Antonio da Padova e S. Lucia, dipinta da Perino Cesarei, l’altare di San Filippo Neri con una tela attribuita al romano Gaetano Lapis, pittore molto attivo in Valnerina.
Nella navata destra è presente l’altare dedicato alla Madonna del Suffragio e detto anche delle anime sante. In esso è rappresentato il parroco di Scheggino Mattiangelo Amici nell’atto di versare acqua sulle anime del Purgatorio; segue l’altare dedicato a San Francesco di Assisi, detto del perdono, in quanto ricorda la concessione dell’indulgenza plenaria della Porziuncola fatta da Pio VII a Scheggino. La tela raffigura S. Francesco e S. Carlo Borromeo.
Sulla controfacciata troviamo una cantoria con organo del XIX secolo, recentemente ristrutturato.
